Aikidoliiton hallitus on liiton toimeenpaneva elin, joka hoitaa liittokokouksen sille antamin valtuuksin Aikidoliiton hallinnon ja siihen liittyvän päätöksenteon. Hallituksen jäsenet valitaan kaksivuotiskaudeksi.
Liiton säännöissä hallituksen tehtävät on määritelty seuraavasti:
- ryhtyä tarpeellisiin toimenpiteisiin Liiton tarkoitusperien toteuttamiseksi
- edustaa Liittoa, hoitaa sen juoksevia asioita ja esiintyä Liiton puolesta kantajana ja vastaajana
- kutsua koolle Liiton kokoukset, valmistaa niissä käsiteltävät asiat ja toimeenpanna niissä tehdyt lailliset päätökset
- hoitaa Liiton varoja sekä periä jäseniltä perittävät jäsenmaksut
- huolehtia Liiton vuosikertomuksen laatimisesta ja tilinpäätöksen tekemisestä
- laatia ehdotukset Liiton talousarvioksi ja toimintasuunnitelmaksi
- päättää jäsenten hyväksymisestä Liiton jäseneksi ja erottamisesta Liitosta
- antaa valtakirjat Liiton edustajille kansainvälisiin tapahtumiin
- pitää jäsenluetteloa
- hyväksyä ne henkilöt, jotka ovat oikeutettuja ottamaan vastaan kyu-tasoiset vyösuoritukset
- vahvistaa vyökoevaatimukset
- pitää luetteloa kaikista Liiton hyväksymistä kyu- ja dan-arvon saaneista henkilöistä
- myöntää Suomen Aikidoliiton hallituksen jäsenen tai jäsenseuran hallituksen esityksestä kriteerit täyttävälle henkilölle Liiton kunniamerkin
- palkata tarpeelliset toimihenkilöt
- asettaa tarvittaessa toimikuntia, valiokuntia ja jaostoja, jotka Liitto toimintaansa varten tarvitsee ja valita niiden jäsenet ja toimikaudet. Hallitus hyväksyy valiokuntien johtosäännöt, poikkeuksena Oikeusvaliokunta
- hoitaa muut Liitolle kuuluvat asiat.